תוצר מחלקת הנוער של בית"ר ירושלים ואחיו הקטן של אבירם ברוכיאן. החל את דרכו במחלקת הנוער של בית"ר ירושלים וזכה עם קבוצת הנוער בתואר האליפות בעונת 2008-2007.
אביתר הוקפץ לקבוצה הבוגרת של בית"ר ירושלים כבר בעונת 2006-2007 על ידי המאמן דאז יוסי מזרחי. במשך העונה כולה התחשל השחקן שהיה אז בן 18 בלבד והתאמן לצד אחיו הגדול.
עונה לאחר מכן השתייך לקבוצת הנוער עימה כאמור זכה באליפות ובתחילת עונת 2008-2009 לאחר שסיים גיל נוער, נכלל בסגל הקבוצה הבוגרת.
את הופעת הבכורה שלו במועדון ערך במחזור ה-31 של עונת 2008-2009 במשחק בו הפסידה בית"ר ירושלים 0-2 לעירוני קריית שמונה. בעונת 2009-2010 שותף אביתר ברוכיאן בחמישה משחקי ליגה, בהם גם רשם את הבישול הראשון שלו בליגת העל.
בנוסף לתפקודו כקשר, יכול לשחק ברוכיאן גם בעמדת המגן – עמדה בה שיחק בקבוצת הנוער.
